Meerschweinchen können Würmer bekommen. Sie können es sich z.B. über Gras von der Wiese einfangen.
Soweit ich weiß, werden allerdings nur die Eier über den Kot ausgeschieden, und keine lebenden Würmer (eins meiner Schweine hatte leider mal Würmer..)
In dem Fall hier würde ich allerdings auch auf Fliegenlarven tippen. Ich würde dann jeden Tag die Pieselstellen rausmachen. Und überall an den Fenstern Fliegengitter anbringen, damit erst gar keine Fliegen rein können.