Ich würde eher mehrfach am Tag stoßlüften, ansonsten ordentlich heizen und evtl einen Luftentfeuchter benutzen. Bei mir im Bad wächst eher Schimmel, wenn es zu kalt ist (unter 18 Grad, sagt man) und offenem Fenster und kein Schimmel, wenn ich gescheit heize. Wenn es dauernd kalt ist, wächst der Schimmel weiter und es erkältet sich am Ende noch jemand. Unter der Decke kriegen die Schweine ja weder viel frische Luft noch viel Licht. Schimmel entsteht ja auch nicht von heute auf morgen; da werden ein paar Tage mehr jetzt auch nichts mehr ändern und mit der Kälte jetzt hast du sonst bald das nächste Problem mit kranken Schweinen und kranker Paula.
Vielleicht kannst du sie in die Ecke stellen, die am weitesten vom Schimmel weg ist? Schimmelsporen fliegen ja nicht gezielt auf die Schweine oder dich zu, sondern sind vor allem in der unmittelbaren Nähe des Schimmels und im Luftzug zu finden.