Hallo,
meine Meerschweine hatten auch mehrere Jahre Dauerauslauf in Wohnung/Wohnzimmer und jetzt haben sie meistens so im Schnitt 6 Stunden Freigang im Wohnzimmer (es sei denn, es gibt Stress, dann lass ich das Gehege 24/7 offen).
Meine Dauerausläufer liefen sehr gut auf PVC (bzw. bot der PVC sehr guten Halt), deswegen hatte ich nur unter den Schlafgelegenheiten entweder nichts (PVC lässt sich gut reinigen) oder Handtücher gelegt. Auch wenn das Gehege 24/7 offen stand, fand ich eigentlich ganz gut, trotzdem eins zu haben: die Meerschweine hatten einen Rückzugsort vor mir und ich hatte die ganze Futterschweinerei in einem abgegrenzten Bereich.
In meiner aktuellen Wohnung habe ich Laminat, das viel zu glatt für angenehmes Laufen ist, auch wenn es die Schweinchen trotzdem tun. Hier habe ich die Laufrouten mit Signe-Teppichen ausgelegt und wenn ich doch mal wieder (z.B. wegen es Streits) eine 24h-offen-Haltung mache, dann lege ich nur unter die Fress- und Schlafgelegenheiten etwas mehr Stoff. Denn ich habe die Schweine schon mehrmals beobachtet, dass sie kurz ihren Hintern aus der Kuschelrolle hängen, um ihr Geschäft außerhalb zu verrichten und Laminat mag nun keine länger liegenden Pfützen.
Ich würde in deiner Stelle einen gut strukturierten/angerauten PVC-Boden, ggf auch einen Korkboden verlegen, so dass es auch für unbegabte Meerschweine gut zu laufen ist. Dann ist dein Parkett geschützt und es sieht dann mit einem hübschen PVC vielleicht weniger "provisorisch und primitiv" aus. Handtücher/Molton würde ich dann nur unter die Schlaf- und Fressecken legen.
Hier zwei Schweine aus der Dauerausläuferzeit, die es sich auf meinem Sofa (war ausgeklappt und daher nur 15cm hoch) bequem gemacht haben.

Noch einmal die Dauerausläufer... Hier sieht man auch den PVC, der zwar nicht strukturiert war, aber durch seine gummiartige Oberfläche guten Halt gegeben hat (inkl. Pipiflecken).

Und hier eins, dass auf Grund eines Streits freiwillig aus dem Gehege ausgezogen ist und ein paar Nächte neben der Couch geschlafen hat, da sieht man auch die Signe-Teppiche. Unter die Rolle hatte ich einfach ein dickes Stuhlkissen gelegt. Auch hier sieht man gut die Pipi-Flecken in dem kleinen Beistelltisch.

Ich finde das auf jeden Fall total cool, dass deine Schweine so mit dir im Wohnzimmer leben 