Hallo Franzi,
über die Flecken würde ich mir grundsätzlich keine Sorgen machen. Ich finde in meinen Gehegen auch immer viele "Sauerein" von denen ich nicht weiß wo sie herkommen.
Da du aber schreibst, dass sie vor kurzem Probleme mit dem Atmen hatte und nicht mehr quieken kann, würde ich dir raten noch mal zum TA zu gehen. Wie wurde sie denn behandelt als sie die Probleme hatte? Hat sie ein Antibiotikum bekommen?
Wenn ich das richtig heraus lese, lebt deine Emma allein, oder? Das ist gar nicht gut. Meerschweinchen brauchen immer mindestens einen Partner. Ein Mensch kann einen Artgenossen nicht ersetzen. Du würdest Emma einen riesengroßen Gefallen tun, wenn du ihr einen schweinischen Partner schenken würdest.
Achja, dann habe ich auf deinem Foto noch einen Salzleckstein entdeckt. Sowas brauchen Meerschweinchen nicht, sie sind sogar schädlich.
Falls du diese Seite noch nicht kennst, schau ruhig mal rein... Dort findest du sehr gute Infos über die Haltung, Ernährung, Krankheiten, usw. von Meerschweinchen.
http://www.diebrain.de/I-index.html
LG Julia