Also selbst wenn es subjektiv betrachtet etwas häufiger geworden ist, denke ich auch nur an ein Verschlucken. Ich habe hier vier Böckchen sitzen, bei denen der Futterneid ziemlich groß ist. Die Futtermengen können noch so groß sein und trotzdem wird alles so schnell heruntergeschlungen, wie nur möglich. Dabei verschlucken sich alle mal.
Wenn du gerade ins Gehege guckst während einer hustest, siehst du sofort, wer es ist. Meerschweinchen (oder zumindest meine?) pusten sich selbst erst mal richtig auf und husten dann mit voller Kraft alles heraus, was im Hals sitzt. Dabei fliegt das ganze Schweinchen manchmal in die Luft . Und danach haben meine manchmal einen "leicht beleidigt" aussehenden Blick drauf - warum auch immer. Dann putzen sie sich die Nase und mampfen weiter.
Solange dein/deine Schweinchen keinen Nasenausfluss oder tränende Augen etc. haben und auch keine Atemgeräusche, würde ich sowohl eine Krankheit, als auch eine Allergie für unwahrscheinlich halten.
Ach ja und an deiner Haltung würde uns interessieren, wie a) die Gruppenkonstellation (Geschlechter) aussieht und b) wie groß der Käfig ist und wie/wo er steht, c) was du fütterst etc.