Dass sie bestimmte Teile ihres eigenen Kots fressen, ist bei Meerschweinchen ganz normal. Man sieht es bloß nicht so oft. Ich habe gelesen, dass Meeris zwei unterschiedliche Arten von Köttel haben: Die braunen, die immer im Gehege herumliegen und dann noch eher hellere, die wohl sehr eiweißhaltig sind und deshalb sehr gesund sind, wenn sie wieder gegessen werden. (Ich hoffe, ich habe das richtig in Erinnerung.)
Wie sieht denn ihre Haut aus? Sieht sie trocken und rissig aus? Haben die Tiere viele Krusten auf der Haut oder kahle Stellen, an denen das Fell ausfällt?
Kahle Stellen würden auf einen Hautpilz hindeuten (dann solltest du die Tiere mit Handschuhen anfassen, weil der auch auf die Menschen übergehen kann), Schuppen oder Krusten können entweder auf Schädlinge (Milben/Haarlinge/...) hindeuten oder auf eine falsche/nicht ausgewogene Ernährung.
Du könntest probieren, deinen Schweinis ein paar Saaten (z.B. Leinsamen) und Kerne (z.B. Sonnenblumenkerne/Kürbiskerne) zu füttern. Die darin enthaltenen Fette sind gut für die Haut.
Wie fütterst du denn insgesamt deine Schweinchen?