Hallo Nisi,
mit 6 Wochen ist noch nichts zu spät. Da Meerschweinchen Fluchttiere sind, rennen sie aus Instinkt davon, wenn sie von oben eine "Gefahr" erkennen.
Das Problem hatte ich damals auch, ich hab sie beruhigt und immer mal abwechselnd mit rechts, dann mit links gestreichelt. So haben sie gemerkt, dass auch die andere Hand nichts böses ist. Zum Herausnehmen solltest du am besten nicht von oben kommen, sondern von vorne.
Wenn sie sich beide beim Herausnehmen "anzicken", dann versuch mal erst eines zu dir zu holen, das andere noch im Käfig lassen. Anschließend das gleiche Spiel mit dem anderen Meeri. So können sie sich nicht zwicken oder "übereinander herfallen".
Lg Rebecca