Huhu,
wie Mark auch schon geschrieben hat, würde ich mal die Zähne (nochmal) kontrollieren lassen. Oft ist Durchfall eine sekundäre Folge von Zahnproblemen, da die Schweinchen dann die Nahrung in einem anderen Verhältnis zu sich nehmen (also Heu eher meiden).
Es reicht da auch nicht nur die Vorderzähne anzuschauen oder so. Die Backenzähne müssen mit Spreizer etc. richtig angeschaut werden.
Kotprobe über ein paar Tage ist natürlich auch super.
Ist sie denn auch aufgegast? Dann würde ich nämlich noch Sab simplex geben.
Kann es sein, dass diese Paste, von der Du schreibst, grün ist? Dann könnte es BBB sein.
Ich würde die Beiden auch auf jeden Fall zusammen lassen. Vielleicht ist es nichts ansteckendes und falls doch, hätte sich das Partnerschweinchen eh schon anstecken können.
Der Stress für Beide ist viel zu groß und ich würde sie nicht trennen.
Gute Besserung!!!