Ist denn das Haus so groß, dass bequem alle 3 darin schlafen könnten?
Wenn das Haus vielleicht die Absonderung des einen Schweinchen verstärkt, würde ich es mal für einen Tag versuchsweise herausnehmen. Sollte es zu viel Spannungen führen kannst Du es früher wieder hineinstellen, sollte es gute Wirkung zeigen, würde ich es erst einmal weglassen.
Nach meiner Erfahrung haben Meerschweinchen sehr unterschiedliche Vorlieben und Befindlichkeiten. Zwei unserer Jungs bekamen immer wieder Streit am Heuhaufen. Dachsi scharrte, weil er nach den besten Halmen suchte und Wuschel, der Bruder, gegenüber betrachtete das als Drohung. (Scharren wird ja tatsächlich auch als Drohgeste genutzt.) Entsprechend drohte Wuschel "zurück" - was Dachsi wiederum unberechtigt gefunden haben dürfte. Diese Reibereien hörten erst auf, als ich eine kleine Trennwand hingestellt hatte und das Heu auf beiden Seiten zu haben war. Weil sie sich dort nicht mehr gegenübersitzen konnte, war der Streit beendet.
Ich beschreibe dieses Beispiel so ausführlich, weil es m.E. sehr wichtig ist, als Halter die eigene Gruppe genau zu beobachten oder Probleme, die andere Tiere vielleicht nie hätten, für sie möglichst zu entschärfen.