Ich halte die Schweinchen immer so lange strikt getrennt, bis ich das Ergebnis einer Sammelkotprobe habe. Das ist in der Regel 3 Tage, die ich sammle und das dann vom Tierarzt untersuchen lasse.
Sehr ängstliche, unsichere oder junge Neuzugänge bekommen eines meiner Weibchen als Gesellschaft für diese Zeit dazu. Die meisten schaffen die 3 Tage aber alleine.
Ich hatte 2014 schon einmal den Fall, dass ein neues Schweinchen Kokzidien eingeschleppt hat (er war sogar aus einer Notstation, also einer seriösen Quelle!). Er selbst war komplett symptomlos, meine Weibchen hat es hingegen schlimm erwischt, zwei ältere sind an den Folgen gestorben und um eins musste ich 3 Wochen mit päppeln kämpfen.
Daher ist eine Kotprobe das mindeste, was man bei jedem Neuzugang machen sollte, bevor er in die Gruppe kommt.
Ansonsten kann man sich natürlich einiges an Krankheiten einschleppen, ein Stichwort sind z.B. Mykoplasmen. Leider erkennt man solche Erkrankungen nicht immer in der Quarantäne, da es auch viele symptomlose Trägertiere gibt.