Ob Streu oder Fleece würde ich vor allem von den sonstigen Rahmenbedingungen abhängig machen. Also kann man Streu kostengünstig entsorgen? Für den Komposthaufen geht das nicht, weil es zu langsam verrottet, und Biotonnen sind Ruck-Zuck voll, viele Abgabestellen für Gartenabfall nehmen keine Kleintierstreu an. Restmüll bleibt übrig, kann aber echt teuer werden. Muss man sich erkundigen.
Fleece hat natürlich kein Entsorgungsproblem, dafür muss man 2-4x pro Woche waschen und trocknen. Hat man dafür gute Möglichkeiten oder wird das schwierig? Benutzt noch jemand anders die Waschmaschine, findet der Meerschweinchenhaare an seinen Klamotten vielleicht nicht so dolle. Und gibt es einen Trockner oder genug Platz zum aufhängen?
Bei mir wäre das Waschen eher doof weil Gemeinschafts-Wäschekeller mit Schweinchensachen vollhängen kommt nicht so gut und in der Wohnung ist kein Platz zum Trocknen. Außerdem kann ich die Einstreu relativ bezahlbar als Restmüll zum Wertstoffhof bringen. Aber wie gesagt, das muss man herausfinden.